食品加工废水处理设备的工作原理主要基于物理、化学和生物学的原理：

物理处理原理：通过物理作用将废水中的悬浮物、油脂等分离出来。例如，格栅可以拦截废水中的大颗粒悬浮物；沉砂池和调节池可以去除废水中的泥沙和调节水质；隔油池和气浮机可以去除废水中的油脂。

化学处理原理：通过化学反应去除废水中的溶解性有机物、重金属离子等。例如，中和池通过添加酸碱药剂调节废水的pH值，使其满足后续处理的要求；氧化池利用氧化剂将废水中的有机物氧化成无害物质；混凝沉淀池通过添加混凝剂使废水中的悬浮物和胶体物质凝聚成较大的颗粒，从而易于沉淀去除。

生物处理原理：利用微生物的代谢作用去除废水中的有机物。在活性污泥法中，微生物在活性污泥中大量繁殖并降解废水中的有机物；在生物膜法中，微生物附着在载体表面形成生物膜，通过生物膜上的微生物降解废水中的有机物；在厌氧消化池中，微生物在厌氧条件下分解有机物产生甲烷等有用气体。